BibTex RIS Cite

Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu

Year 2017, Volume: 21 Issue: 2, 570 - 577, 08.02.2017

Ahmet Öztürk Bayram Sade Süleyman Soylu Şekip Erdal Hatice Filiz Boyacı

Abstract

Çalışmada; Batı Akdeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsü (BATEM) ve Karadeniz Tarımsal Araştırma Enstitüsüne (KTAE) ait 35 adet kendilenmiş cin mısır hattı moleküler analize tabi tutulmuştur. Moleküler karakterizasyon için 21 adet SSR primeri kullanılmış ve hatlar arasındaki genetik uzaklıklar tespit edilmeye çalışılmıştır. Araştırma sonucunda; kümeleme analizi ile elde edilen dendograma göre cin mısır hatları 2 ana ve 5 alt gruba ayrılmıştır. Çalışmada kullanılan hatlar 0.44 ile 0.95 aralığında benzerlik göstermişlerdir. Çalışmada kullanılan hatlardan 9 ve 28 nolu hatlar yakın akraba bulunur iken, 1 ve 23 nolu hatların uzak akraba bulunmuştur. Elde edilen bu sonuca göre BATEM ve KTAE ait kendilenmiş cin mısır hatları arasında genetik olarak bir varyasyonun olduğu tespit edilmiştir.

Keywords

Cin mısır Saf hat; Genetik uzaklık; Kümeleme

References

  • [1] Brunson, A. M. 1955. Popcorn, in Corn and Corn Improvement, Sprague, G. F., Ed., American Society of Agronomy, Madison, WI, 423.
  • [2] Galinat, W.C. 1988. The origin of corn, p. 1–32. In: G.F. Sprague and J.W. Dudley (eds.). Corn and corn improvement. Amer. Soc. Agron., Madison, Wis.
  • [3] Anonymous 2015. Popcorn profili, http://www.agmrc.org/commodities__products/grains__oilseeds/corn_grain/popcorn-profile/ (Erişim tarihi: 13 Aralık 2015).
  • [4] Dickerson G.W. 2003. Specialty corns, http://aces.nmsu.edu/pubs/_h/h- 232.pdf, (Erişim tarihi 06 01 2014).
  • [5] Cruz, C.D., Regazzi, A.J. and Carneiro,P.C.S. 2004. Modelos biometricos aplicados ao melhoramento genetico. Ed:Editora UFV, 1: 480.
  • [6] Shull, G.H. 1914. Duplicate Genes for Capsule Form in Bursa Bursa-Pastoris. J. Ind. Abst. Vererb. 12,97-149.
  • [7] Crow, J.F., 1948. Alternative Hypotheses Of Hybrid Vigor. Genetics, 33, 477-487.
  • [8] Shull, G.H. 1908. The Composition of Field Maize. Report of the American Breeders Association. 4, 296-301
  • [9] Shull, G.H. 1911. The Genotypes of Maize. Amer. Nat. 45, 234-252.
  • [10] East, E. M., 1908. Inbreeding in Corn. Report of the Connecticut Agricultural Experiment Station, 419–428.
  • [11] Erdal, Ş. 2014. Kendilenmiş mısır hatlarinin kuraklik stresine tolerans düzeylerinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Isparta.
  • [12] Mohammadi, S. A. and Prasanna, B. M., 2003. Analysis of Genetic Diversity in Crop Plants—Salient Statistical Tools and Considerations. Crop Science ,43,1235-1248.
  • [13] Cömertpay, A. 2008. Yerel mısır populasyonlarinin morfolojik ve dna moleküler işaretleyicilerinden ssr tekniği ile karakterizasyonu. Çukorova Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Adana.
  • [14] Matsuoka Y., Vigouroux, Y., Goodman, M.M., Sanchez, J., Buckler, E., and Doebley, J. A. 2002. Single domestication for maize shown by multilocus microsatellite genotyping, Proceedings of the National Academy of the USA 99(9), 6080-6084.
  • [15] Powel, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., and Rafalski, A. 1996. The Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) Markers for Germplasm Analysis. Molecular Breeding 2 (3), 225-238.
  • [16] Aldrich, J., and Cullis, C. A. 1993. RAPD analysis in flax: optimization of yield and reproducibility using KlenTaq 1 DNA polymerase, chelex 100, and gel purification of genomic DNA. Plant Molecular Biology Reporter. 11 (2), 128–141
  • [17] Warburton, M.L., Xianchun, X., Crossa, J., Franko, J., Melchinger, A.E.,Frisch, M., Bohn, M. and Hoisington, D. 2002. Genetic characterization of CIMMYT inbred maize lines and open pollinated populations using large scale fingerprinting methods. Crop Science, 42(6), 1832–1840.
  • [18] Glaubitz, J.C. 2004. CONVERT: A user-friendly program to reformat diploid genotypic data for commonly used population genetic software packages. Moleculer Ecology Notes, 4, 309-310.
  • [19] Yeh,F.C., Yang,R.C., Boyle,T.B.J., Ye,Z.H. and Mao,J.X. 1997. POPGENE,The user-friendly shareware for population genetic analysis, Moleculer Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada.
  • [20] Nei M. 1972. Genetic distance between population. The American Naturalist, 106 (949), 283-292.
  • [21] Kostova, A., Todorovska, E., Christov, N., Sevov, V., and Atanassov, A.I. 2006. Molecular characterization of Bulgarian maize germplasm collection via SSR markers. Biotechnol. & Biotechnol, 20 (2), 29-36
  • [22] Da Silva,T.A., Pinto,R.J.B., Scapim,C.A., Mangolin,C.A., Machado,M.F.P.S., and Carvalho, M.S.N. 2009. Genetic divergence in popcorn genotypes using microsatellites in bulk genomic DNA.Crop Breeding and Applied Biotechnology 9(1), 31-36.
  • [23] Dandolini, T.S., Scapim,C.A., Amaral J.,A.T., Mangolin, C.A., Machado, M.F.P.S., Mott, A.S. and Lopes, A.D. 2008. Genetic divergence in popcorn lines detected by microsatellite markers. Crop Breeding and Applied Biotechnology, 8(4), 313-320.
  • [24] Cheng-Lai, W., Qian,-Qian, Z., Bing-Zue, D., Sheng-Fu, L., and Chun-Qıng, Z. 2010. Analysis of Genetic Structure and Relationships of Maize Inbred Lines in China, Acta Agronomica Sinica, 36 (11): 1821-1831.
  • [25] Trindade, A.P.R., Pinto, R.J.B., Amaral Júnior, A.T., Mangolin,C.A., Machado, M.F.P.S., and Scapim,C.A. 2010. Genetic diversity of breeding popcorn lines determined by SSR markers. Electronic Journal of Biotechnology, 13(1), 1-11.
  • [26] Remington,D.L., Thornberry, J.M., Matsuoka, Y., Wilson, L.M., Whitt, S.R., Doebley, J., Kresovich, S., Goodman, M.M., and Buckler E.S. 2001. Structure of Linkage disequilibrium and phenotypic associations in the maize genome.PNAS, 98 (20), 11479-11484.
  • [27] Li, Y.L., L.V., D.B., Wang, Y.Z., Chen, S.J., and Tang, J.H. 2004. Study on genetic diversity of popcorn inbred and their germplasm relationship eith normal corn inbreds using SSRmarker. Maydica, 49, 327-333.
  • [28] Xu, S.X., Liu, J., and Liu, G.S. 2004. The use of SSRs for predicting the hybird yield and yield heterosis in 15 key inbred lines of Chinese maize, Hereditas, 141, 207-215.
  • [29] Beyene Y., Botha, A.M., and Myburg, A.A. 2005. A comparative study of molecular and morphological methods of describing genetic relationships in traditional ethiopian highland maize, African Journal of Biotechnology, 4(7), 586-595.
  • [30] Laborda, P.R., Oliveira, K.M, Garcia, A.A.F., Paterniani, M.E.A.G.Z., and Souza, A.P. 2005. Tropical Maize Germplasm: What Can We Say About Its Genetic Diversity In The Light of Molecular Markers. Theoretical and Applied Genetics, 111: 1288-1299.
  • [31] Pabendon, M.B., Mejayaa, M.J., Koswarab J, and Aswidinnoorb, H. 2009. Ssr-Based Genetic Diversities Among Maize Inbred Lines And Their Relationships With F1 Phenotypic Data Of Mr4 And Mr14 Testcrosses. Indonesian Journal of Agriculture, 26,69-77.
  • [32] Da Silva,T.A., Cantagalli, l.,B., Saavedra, J., Lopes,. A.D., Mangolin, C.A., Machado, M.F.P. and Scapim, C.A. 2015. Population structure and genetic diversity of Brazilian popcorn germplasm inferred by microsatellite markers. Electronic Journal of Biotechnology, 18(3),181-187.
  • [33] Hildebrand, CE; Torney, DC; and Wagner, RP; 1992. Informativeness of polymorphic DNA markers. Los Alamos Science 20:100-102.
  • [34] Okumuş, A., Öz, A., Mercan, L., ve Kapar, H. 2009. Kendilenmiş At Dişi Mısır Hatlarında Moleküler Genetik Analiz (SSR) Yöntemi İle Yüksek Verimli Muhtemel Hibrit Anaçlarının Belirlenmes, TÜBİTAK 1050504 nolu projenin sonuç raporu.

Year 2017, Volume: 21 Issue: 2, 570 - 577, 08.02.2017

Ahmet Öztürk Bayram Sade Süleyman Soylu Şekip Erdal Hatice Filiz Boyacı

Abstract

References

  • [1] Brunson, A. M. 1955. Popcorn, in Corn and Corn Improvement, Sprague, G. F., Ed., American Society of Agronomy, Madison, WI, 423.
  • [2] Galinat, W.C. 1988. The origin of corn, p. 1–32. In: G.F. Sprague and J.W. Dudley (eds.). Corn and corn improvement. Amer. Soc. Agron., Madison, Wis.
  • [3] Anonymous 2015. Popcorn profili, http://www.agmrc.org/commodities__products/grains__oilseeds/corn_grain/popcorn-profile/ (Erişim tarihi: 13 Aralık 2015).
  • [4] Dickerson G.W. 2003. Specialty corns, http://aces.nmsu.edu/pubs/_h/h- 232.pdf, (Erişim tarihi 06 01 2014).
  • [5] Cruz, C.D., Regazzi, A.J. and Carneiro,P.C.S. 2004. Modelos biometricos aplicados ao melhoramento genetico. Ed:Editora UFV, 1: 480.
  • [6] Shull, G.H. 1914. Duplicate Genes for Capsule Form in Bursa Bursa-Pastoris. J. Ind. Abst. Vererb. 12,97-149.
  • [7] Crow, J.F., 1948. Alternative Hypotheses Of Hybrid Vigor. Genetics, 33, 477-487.
  • [8] Shull, G.H. 1908. The Composition of Field Maize. Report of the American Breeders Association. 4, 296-301
  • [9] Shull, G.H. 1911. The Genotypes of Maize. Amer. Nat. 45, 234-252.
  • [10] East, E. M., 1908. Inbreeding in Corn. Report of the Connecticut Agricultural Experiment Station, 419–428.
  • [11] Erdal, Ş. 2014. Kendilenmiş mısır hatlarinin kuraklik stresine tolerans düzeylerinin belirlenmesi ve moleküler karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Isparta.
  • [12] Mohammadi, S. A. and Prasanna, B. M., 2003. Analysis of Genetic Diversity in Crop Plants—Salient Statistical Tools and Considerations. Crop Science ,43,1235-1248.
  • [13] Cömertpay, A. 2008. Yerel mısır populasyonlarinin morfolojik ve dna moleküler işaretleyicilerinden ssr tekniği ile karakterizasyonu. Çukorova Üniversitesi, Ziraat Fakültesi, Tarla Bitkileri Anabilim Dalı, Doktora Tezi, Adana.
  • [14] Matsuoka Y., Vigouroux, Y., Goodman, M.M., Sanchez, J., Buckler, E., and Doebley, J. A. 2002. Single domestication for maize shown by multilocus microsatellite genotyping, Proceedings of the National Academy of the USA 99(9), 6080-6084.
  • [15] Powel, W., Morgante, M., Andre, C., Hanafey, M., Vogel, J., Tingey, S., and Rafalski, A. 1996. The Comparison of RFLP, RAPD, AFLP and SSR (microsatellite) Markers for Germplasm Analysis. Molecular Breeding 2 (3), 225-238.
  • [16] Aldrich, J., and Cullis, C. A. 1993. RAPD analysis in flax: optimization of yield and reproducibility using KlenTaq 1 DNA polymerase, chelex 100, and gel purification of genomic DNA. Plant Molecular Biology Reporter. 11 (2), 128–141
  • [17] Warburton, M.L., Xianchun, X., Crossa, J., Franko, J., Melchinger, A.E.,Frisch, M., Bohn, M. and Hoisington, D. 2002. Genetic characterization of CIMMYT inbred maize lines and open pollinated populations using large scale fingerprinting methods. Crop Science, 42(6), 1832–1840.
  • [18] Glaubitz, J.C. 2004. CONVERT: A user-friendly program to reformat diploid genotypic data for commonly used population genetic software packages. Moleculer Ecology Notes, 4, 309-310.
  • [19] Yeh,F.C., Yang,R.C., Boyle,T.B.J., Ye,Z.H. and Mao,J.X. 1997. POPGENE,The user-friendly shareware for population genetic analysis, Moleculer Biology and Biotechnology Centre, University of Alberta, Canada.
  • [20] Nei M. 1972. Genetic distance between population. The American Naturalist, 106 (949), 283-292.
  • [21] Kostova, A., Todorovska, E., Christov, N., Sevov, V., and Atanassov, A.I. 2006. Molecular characterization of Bulgarian maize germplasm collection via SSR markers. Biotechnol. & Biotechnol, 20 (2), 29-36
  • [22] Da Silva,T.A., Pinto,R.J.B., Scapim,C.A., Mangolin,C.A., Machado,M.F.P.S., and Carvalho, M.S.N. 2009. Genetic divergence in popcorn genotypes using microsatellites in bulk genomic DNA.Crop Breeding and Applied Biotechnology 9(1), 31-36.
  • [23] Dandolini, T.S., Scapim,C.A., Amaral J.,A.T., Mangolin, C.A., Machado, M.F.P.S., Mott, A.S. and Lopes, A.D. 2008. Genetic divergence in popcorn lines detected by microsatellite markers. Crop Breeding and Applied Biotechnology, 8(4), 313-320.
  • [24] Cheng-Lai, W., Qian,-Qian, Z., Bing-Zue, D., Sheng-Fu, L., and Chun-Qıng, Z. 2010. Analysis of Genetic Structure and Relationships of Maize Inbred Lines in China, Acta Agronomica Sinica, 36 (11): 1821-1831.
  • [25] Trindade, A.P.R., Pinto, R.J.B., Amaral Júnior, A.T., Mangolin,C.A., Machado, M.F.P.S., and Scapim,C.A. 2010. Genetic diversity of breeding popcorn lines determined by SSR markers. Electronic Journal of Biotechnology, 13(1), 1-11.
  • [26] Remington,D.L., Thornberry, J.M., Matsuoka, Y., Wilson, L.M., Whitt, S.R., Doebley, J., Kresovich, S., Goodman, M.M., and Buckler E.S. 2001. Structure of Linkage disequilibrium and phenotypic associations in the maize genome.PNAS, 98 (20), 11479-11484.
  • [27] Li, Y.L., L.V., D.B., Wang, Y.Z., Chen, S.J., and Tang, J.H. 2004. Study on genetic diversity of popcorn inbred and their germplasm relationship eith normal corn inbreds using SSRmarker. Maydica, 49, 327-333.
  • [28] Xu, S.X., Liu, J., and Liu, G.S. 2004. The use of SSRs for predicting the hybird yield and yield heterosis in 15 key inbred lines of Chinese maize, Hereditas, 141, 207-215.
  • [29] Beyene Y., Botha, A.M., and Myburg, A.A. 2005. A comparative study of molecular and morphological methods of describing genetic relationships in traditional ethiopian highland maize, African Journal of Biotechnology, 4(7), 586-595.
  • [30] Laborda, P.R., Oliveira, K.M, Garcia, A.A.F., Paterniani, M.E.A.G.Z., and Souza, A.P. 2005. Tropical Maize Germplasm: What Can We Say About Its Genetic Diversity In The Light of Molecular Markers. Theoretical and Applied Genetics, 111: 1288-1299.
  • [31] Pabendon, M.B., Mejayaa, M.J., Koswarab J, and Aswidinnoorb, H. 2009. Ssr-Based Genetic Diversities Among Maize Inbred Lines And Their Relationships With F1 Phenotypic Data Of Mr4 And Mr14 Testcrosses. Indonesian Journal of Agriculture, 26,69-77.
  • [32] Da Silva,T.A., Cantagalli, l.,B., Saavedra, J., Lopes,. A.D., Mangolin, C.A., Machado, M.F.P. and Scapim, C.A. 2015. Population structure and genetic diversity of Brazilian popcorn germplasm inferred by microsatellite markers. Electronic Journal of Biotechnology, 18(3),181-187.
  • [33] Hildebrand, CE; Torney, DC; and Wagner, RP; 1992. Informativeness of polymorphic DNA markers. Los Alamos Science 20:100-102.
  • [34] Okumuş, A., Öz, A., Mercan, L., ve Kapar, H. 2009. Kendilenmiş At Dişi Mısır Hatlarında Moleküler Genetik Analiz (SSR) Yöntemi İle Yüksek Verimli Muhtemel Hibrit Anaçlarının Belirlenmes, TÜBİTAK 1050504 nolu projenin sonuç raporu.
There are 34 citations in total.

Details

Journal Section Articles
Authors

Ahmet Öztürk

Bayram Sade

Süleyman Soylu

Şekip Erdal

Hatice Filiz Boyacı

Publication Date February 8, 2017
Published in Issue Year 2017 Volume: 21 Issue: 2

Cite

APA Öztürk, A., Sade, B., Soylu, S., Erdal, Ş., et al. (2017). Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, 21(2), 570-577. https://doi.org/10.19113/sdufbed.67694
AMA Öztürk A, Sade B, Soylu S, Erdal Ş, Boyacı HF. Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. SDÜ Fen Bil Enst Der. August 2017;21(2):570-577. doi:10.19113/sdufbed.67694
Chicago Öztürk, Ahmet, Bayram Sade, Süleyman Soylu, Şekip Erdal, and Hatice Filiz Boyacı. “Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 21, no. 2 (August 2017): 570-77. https://doi.org/10.19113/sdufbed.67694.
EndNote Öztürk A, Sade B, Soylu S, Erdal Ş, Boyacı HF (August 1, 2017) Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 21 2 570–577.
IEEE A. Öztürk, B. Sade, S. Soylu, Ş. Erdal, and H. F. Boyacı, “Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu”, SDÜ Fen Bil Enst Der, vol. 21, no. 2, pp. 570–577, 2017, doi: 10.19113/sdufbed.67694.
ISNAD Öztürk, Ahmet et al. “Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi 21/2 (August 2017), 570-577. https://doi.org/10.19113/sdufbed.67694.
JAMA Öztürk A, Sade B, Soylu S, Erdal Ş, Boyacı HF. Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. SDÜ Fen Bil Enst Der. 2017;21:570–577.
MLA Öztürk, Ahmet et al. “Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu”. Süleyman Demirel Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Dergisi, vol. 21, no. 2, 2017, pp. 570-7, doi:10.19113/sdufbed.67694.
Vancouver Öztürk A, Sade B, Soylu S, Erdal Ş, Boyacı HF. Kendilenmiş Cin Mısır Hatlarının SSR Primerler Kullanılarak Moleküler Karakterizasyonu. SDÜ Fen Bil Enst Der. 2017;21(2):570-7.
 Download Cover Image

e-ISSN: 1308-6529